在提及交易工具时，我们也常看到“量化交易”的描述，但其易被误认为“量化的交易”，定义含糊。实际上量化投资也会用到手动交易，为了避免混淆，可使用更为严谨的“程序化交易”。
程序化交易（Automated trading）与“手动交易”相对应，指采用程序自动化决策来执行操作的交易工具，可同时交易成千上万种资产，而手动交易无法做到。
程序化交易并非量化特有的执行方式，量化投资在发展初期也曾借助手动下单——20世纪70年代，量化投资先驱、文艺复兴的詹姆斯·西蒙斯在进行期货的量化投资时，由于计算机技术发展还不够充分，仍采用打电话给交易员，告知交易标的和数量等信息，实现在交易所平台的下单。即便到现在，国际顶级机构如D. E. Shaw在部分流动性不好的品种上（例如期权交易）还是会通过电话进行咨询和下单。
随着科技发展，程序化交易作为一种交易工具，能够快速捕捉机会和避免人为错误，可降低交易成本、提高交易效率，因此被更多的投资者们所选择。
事实上，不管是主观投资还是量化投资，不管机构投资者还是个人投资者，都可以根据自身情况去评估和使用该工具。在美国，不仅是量化投资机构，几乎90%以上的机构投资者基本都采用“程序化交易”的工具，包括主动管理中的主观投资龙头富达基金（Fidelity）、被动管理中的指数基金龙头先锋集团（Vanguard）等等。
程序化交易除了有利于投资策略的执行、促进机构投资者成为市场主力之外，还提高了市场的定价效率：高效的程序化交易让市场上金融工具价格的偏差在短时间内得到纠正，使其价格更接近其内在价值或其标的的内在价值，有助于稳定市场体系。
同时，程序化交易也增加了市场的流动性——高换手率交易策略程序在运行的过程中，随着交易信号的出现，限价指令不断形成、报送、执行和回报，与极其短暂的持仓相配合，形成流动性需求的同时，也释放了相应数量的流动性供给。流动性的增加使市场价值提高，吸引更多投资者加入市场，形成良性循环。
