NGS 赋能 AAV Pool 高效筛选 加速定向载体优化开发

2026-07-14 12:14:14
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问财摘要

1、AAV(腺相关病毒)是基因治疗和基因编辑领域最重要的递送载体之一,但天然AAV血清型并非为某一疾病场景“定制”。因此,需要从“经验选择血清型”转向“高通量筛选与定量评价”。 2、AAV.cc47是一种通过跨物种体内进化获得的工程化AAV变体,表现出更高的转基因表达能力,尤其是在心脏、骨骼肌和脑组织中表现突出。 3、AAV Pool筛选是一种高通量载体筛选思路,能够显著提高早期筛选效率,并为后续供试品排序提供定量依据。 4、NGS 是 AAV Pool 筛选的“读数系统”,依赖于 NGS 对复杂变体库的定量解析。
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AAV(腺相关病毒)因安全性较好、免疫原性相对较低、可实现体内长期表达,已成为基因治疗和基因编辑领域最重要的递送载体之一。然而,天然 AAV 血清型并非为某一疾病场景“定制”。以常用 AAV9 为例,其具备较好的心脏和肌肉转导能力,但在系统给药后仍会分布于多个组织,且不同物种间的转导规律可能存在差异。因此,面向心脏定向递送的 AAV 供试品开发,需要从“经验选择血清型”转向“高通(QCOM)量筛选与定量评价”。

01

从AAV9到工程化AAV:更高效心脏递送的探索

2022年,Nature Communications 发表研究 Cross-species evolution of a highly potent AAV variant for therapeutic gene transfer and genome editing1,报道了一种通过跨物种体内进化获得的工程化AAV 变体 AAV.cc47。该研究以 AAV9 为基础,通过定向进化策略优化衣壳结构,并在小鼠、猪和非人灵长类动物等多个模型中进行筛选和验证。研究结果显示,与 AAV9 相比,AAV.cc47 在多个组织中表现出更高的转基因表达能力,尤其是在心脏、骨骼肌和脑组织中表现突出。在小鼠系统给药实验中,AAV.cc47 在心脏中的报告基因表达显著高于 AAV9;在基因编辑应用中,AAV.cc47 递送 CRISPR/Cas9 系统后,也在心脏和骨骼肌中实现了更高的编辑效率。进一步在疾病模型中,该载体还展现出提升治疗性基因表达和增强编辑效果的潜力。

这一研究提示:AAV载体的性能优化,不能仅依赖天然血清型筛选,而需要结合高通(QCOM)量变体库构建、体内选择压力、NGS定量解析和功能验证,系统性寻找更适合特定组织和应用场景的优选衣壳。

02

AAV Pool 筛选:把候选空间一次性放大

AAV Pool(POOL) 筛选是一种高通(QCOM)量载体筛选思路:研究人员将大量 AAV 衣壳变体混合成库,在动物体内给药后,采集心脏及其他组织样本,回收 AAV 变体序列并进行测序。通过比较输入库和不同组织中的变体丰度,即可判断哪些候选体在目标组织中更容易富集。

这种策略的优势在于,它不是逐个候选体单独验证,而是在同一实验体系中并行追踪大量候选序列。对于心脏定向AAV 开发而言,AAV Pool(POOL) 能够显著提高早期筛选效率,并为后续供试品排序提供定量依据。

03

NGS 是 AAV Pool 筛选的“读数系统”

AAV Pool(POOL) 筛选真正产生价值,依赖于 NGS 对复杂变体库的定量解析。NGS 不仅告诉我们“有哪些变体被检测到”,更重要的是回答:每个变体在不同组织中占比是多少?是否在靶组织中富集?是否也在非靶组织中明显富集?不同动物或重复样本之间结果是否一致?

输入库质控:评估候选变体库复杂度、均一性与有效序列比例。

组织丰度统计:统计心脏、肝脏、肺、脾、骨骼肌等组织中的变体 reads 占比。

富集倍数计算:比较目标组织与输入库、目标组织与非靶组织之间的相对富集。

候选体排序:结合富集倍数、组织偏好性、重复一致性和低丰度噪声过滤,形成候选优先级。

04

益诺思NGS 业务

助力临床科研团队筛选定向心脏AAV供试品

围绕心脏定向 AAV 载体开发,益诺思(688710) NGS 平台为临床科研相关研究提供高通(QCOM)量测序与数据分析支持,助力科研团队从 AAV Pool(POOL) 中筛选具有潜在心脏定向递送能力的供试品。在项目实施过程中,围绕 AAV Pool(POOL) 筛选的技术特点,建立了覆盖样本接收、文库构建、深度测序、序列质控、变体识别、丰度统计和候选排序的完整流程。针对 AAV 衣壳变体序列短、候选复杂度高、组织样本丰度差异大的特点,平台通过优化测序策略和分析流程,提高低丰度候选体的检出能力,并支持不同组织样本中的变体分布比较。

依托全面的转化医学和多组学平台,基于高通(QCOM)量筛选和鉴别技术,益诺思(688710)可以为客户提供的载体优化服务包括:

筛选基因治疗的高难度靶点递送

通过高通(QCOM)量筛选,提高载体针对肿瘤、脑、视网膜、肺等难递送组织的转导效率。

降低免疫反应与脱靶风险

可筛选和富集AAV变体,减少对原AAV免疫应答,提升对特定病理组织的亲和力与特异度。

优化AAV介导的疫苗递送

优化衣壳用于递送免疫因子、mRNA/抗体基因等,提高针对疾病(如癌症、感染)的局部表达水平。

从AAV Pool(POOL) 到候选体排序,从文献启发到项目实践,NGS 正在成为工程化 AAV 研发中不可或缺的基础能力。未来,益诺思(688710)将继续依托高通(QCOM)量测序平台和生物信息分析能力,围绕 AAV Pool(POOL) 筛选、载体组织分布评估、病毒载体质控和基因治疗相关检测等方向,为创新药(886015)企、临床科研团队和科研机构提供可靠的技术支持。

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